La ricca collezione copta del Louvre si è costituita soprattutto grazie all'interesse per due importanti località dell'Egitto cristiano: Baouit e Antinoe.
L'antico monastero di Baouit sorgeva sulla riva occidentale del Nilo, nel Medio Egitto. Fondato intorno al 390 d.C., successivamente venne ricostruito e accresciuto. Nel VII secolo raggiunse il suo massimo splendore, arrivando ad ospitare 5000 monaci, e venne poi progressivamente abbandonato all'epoca della dominazione araba. Gli scavi vennero intrapresi da Jean Clédat tra il 1901 e il 1903 e continuati da Maspero nel 1913. I materiali rinvenuti furono divisi tra il museo del Cairo e il Louvre. Le collezioni del Louvre si arricchirono così di una serie di frammenti architettonici, in parte rimontati in un'apposita sala.
L'arrivo dei monumenti Baouit al museo francese inaugurò l'interesse per l'arte dell'Egitto cristiano.
Anche Antinoe, un'altra località del Medio Egitto, restituì testimonianze relative alla fase più tarda della storia egiziana. Questa città fu fondata nel 132 d.C. dall'imperatore Adriano, sulla riva orientale del Nilo; prese il nome dal giovane favorito dell'imperatore, Antinoo, che era morto annegando nel Nilo. Antinoe ebbe una grande espansione in età bizantina fino a diventare, durante il regno di Giustiniano, capitale della Tebaide. L'attenzione verso questo sito fu risvegliata per la prima volta da Etienne Guimet che lo visitò nel 1895. Tra il 1896 e il 1910, Albert Gayet vi condusse una serie di campagne di scavo, finanziate in parte dal Louvre, che in cambio ottenne parte dei rinvenimenti. La necropoli di Antinoe, in particolare, costituisce tuttora un'immensa riserva di reperti, soprattutto di frammenti di tessuti e papiri, che vanno dalla fine dell'antichità al Medioevo.